В 1975 году гимназия стала первой школой молодого сибирского города Саянска, основанного в 1970 году в связи со строительством одного из крупнейших химических предприятий Иркутской области. В своё время она была его единственным культурно-образовательным центром: здесь начинали свою деятельность музыкальная и художественная школы, размещалась библиотека, самодеятельный театр и даже детский сад «Журавлёнок». В стенах школы проходили первые в молодом посёлке концертные программы, творческие выставки, демонстрации кинофильмов, а также спортивные соревнования по многим видам спорта.
В 1993 г. общеобразовательная школа № 1 была переименована в муниципальное общеобразовательное учреждение «Гимназия № 1».
За годы работы в гимназии сложились определённые условия и особая образовательная среда для личностного развития, роста обучающихся и педагогов, что определило приоритетные направления работы гимназии в настоящее время.
Гимназия сегодня – это центр инновационного опыта. До 2010 года образовательное учреждение являлось федеральной экспериментальной площадкой по реализации проекта «Информационная безопасность личности: педагогический аспект».
В 2010 году перед образовательным учреждением поставлены новые задачи:
реализация проекта «Обновление системы повышения квалификации работников образования Иркутской области» (приказом от 03.06.2010 № 376-мпр образовательному учреждению присвоен статус «ОУ - лаборатория») в рамках областного мегапроекта «Развитие инновационного потенциала субъектов региональной деятельности как условие достижения нового качества образования»;
введение ФГОС НОО (приказом от 15.07.2010 №570-мпр Министерства образования Иркутской области гимназия определена как «пилотная площадка», работающая в опережающем (пилотном) режиме среди 26 ОУ учреждений области).
В 2014 году МБОУ "Гимназия №1" была переименована в МБОУ "Гимназия им. В.А. Надькина".
В 2015 году МБОУ "Гимназия им. В.А. Надькина" была переименована в МОУ "Гимназия им. В.А. Надькина".